Las modalidades de cooperación son las opciones generales que tienen los donantes para la canalización y entrega de los fondos de la ayuda.
En función de la naturaleza de la ayuda, la cooperación puede ser financiera o en especie. Un ejemplo de cooperación en especie es la cooperación técnica, modalidad dirigida a la formación profesional de recursos humanos del país socio.

Según las condiciones de entrega de la ayuda, la cooperación puede ser reembolsable o no reembolsable. Estas dos modalidades están presentes en el Fondo para la Promoción del Desarrollo, que es uno de los principales instrumentos financieros de la Cooperación Española. Siendo ejemplo de la intervención de varios actores, la cooperación delegada y la cooperación triangular son modalidades basadas en las vías de canalización de la ayuda: la cooperación delegada se produce cuando una o varias agencias de cooperación encomiendan a otra la realización de toda o parte de las actividades que involucra la ayuda, y en la cooperación triangular dos o más países asocian sus recursos en beneficio de un tercero.

Por último, el referente de la adaptación a las políticas de desarrollo de los países receptores es la modalidad de ayuda programática. Esta modalidad está basada en un apoyo coordinado a un plan o programa de desarrollo del país socio.

Los instrumentos de cooperación son las opciones y herramientas finales a través de las cuales la ayuda se materializa y ejecuta en un determinado contexto para apoyar la consecución de los objetivos planteados. Dos instrumentos significativos de la Cooperación Española son los programas y proyectos de cooperación.